《康朝秘史》第36至40集是全剧的高潮与收官段落，皇权争夺、兄弟情仇、儿女情长在此密集交织，将康熙从少年天子到一代雄主的蜕变过程推向极致。
第36集，鳌拜势力已成强之末，康熙在孝庄太后的暗中布局下，逐步收拢禁军指挥权。这一集的关键转折在于康熙佯装沉迷布库戏，实则借机训练亲信侍卫，为“擒鳌拜”做最后准备。鳌拜虽察觉异常，却因骄横自负而轻敌，其党羽纷纷被暗中调离京城。宫廷内外的暗流涌动，让观众亲历一场精心策划的“少年帝王的第一次雷霆行动”。
第37集，康熙设下“请君入瓮”之计，以议事为名召鳌拜入宫，在武英殿内以布库少年将其擒拿。这一场戏的张力在于历史与戏剧的巧妙融合：鳌拜的挣扎、康熙的冷静、孝庄太后的隐忍，共同构成一幅权力交接的残酷图景。鳌拜被擒后，康熙亲自审问，面对昔日顾命大臣的声声质问，康熙展现出超越年龄的沉稳与决断，但也流露出对“老臣”的复杂情感——既有感恩，也有不得不除的无奈。
第38集转入三藩之乱的前奏。康熙与明珠、索额图等围绕撤藩一事展开激烈朝议。吴三桂的野心已昭然若揭，但朝中大臣畏战者众。康熙在乾清宫彻夜独坐，与已故的顺治帝画像对话，这一虚构场景深刻刻画了少年天子的孤独与使命感。苏麻喇姑与玄烨之间的感情线在本集出现微妙变化：苏麻喇姑以“守护”之名留在宫中，却深知自己与康熙之间永远隔着一道君臣之墙。
第39集，吴三桂正式起兵，“三藩之乱”全面爆发。康熙启用周培公、图海等将领，展现其用人不疑的魄力。本集重点描绘了康熙在战乱初期的焦虑与成长：他一面要安抚朝野，一面要应对粮草调度、将领猜忌等现实难题。剧中穿插了玄烨与容妃的温情互动，以柔克刚地缓解了紧张节奏，也让观众看到帝王背后的人性温度。
第40集，清军与吴三桂军队在湖南战场相持，康熙采纳周培公的“分化瓦解”之策，招降耿精忠、尚之信，逐步孤立吴三桂。本集结尾，康熙在太和殿前登上城楼，眺望远方，目光坚毅。旁白点出“康朝秘史，既是帝王成长史，也是无数人命运的交织史”。这一场景为全剧画上句号，留下余韵：真正的权力，从来不是天赐，而是一场场明知不可为而为之的搏杀。
综上，第36–40集通过擒鳌拜、平三藩两条主线，辅以情感暗线，完成了康熙从少年到帝王的最后一跃。剧中人物在权力与情感的漩涡中做出选择，无论成败，都成为历史长河中不可磨灭的注脚。
